"โครงการฐานข้อมูลจารึกในประเทศไทย" ที่ดำเนินการอยู่ในปัจจุบันนี้ เป็นโครงการที่พัฒนาต่อเนื่องมาจาก "โครงการจัดทำสำเนาจารึกดิจิตอลจากสำเนาจารึกกระดาษสา" ซึ่งมีระยะเวลาดำเนินการตั้งแต่ ปี พ.ศ. ๒๕๔๑ - ๒๕๔๕ อันเป็นความร่วมมือกันระหว่างภาควิชาภาษาตะวันออก มหาวิทยาลัยศิลปากร โดย อ. อัญชนา จิตสุทธิญาณ และ ผศ. กรรณิการ์ วิมลเกษม กับ ศูนย์มานุษยวิทยาสิรินธร มหาวิทยาลัยศิลปากร (ขณะนั้น) โดย ศ. คุณหญิงไขศรี ศรีอรุณ (อดีตผู้อำนวยการฯ)

เมื่อโครงการดังกล่าวแล้วเสร็จ ในปี พ.ศ. ๒๕๔๕ จึงได้เริ่มโครงการต่อไป นั่นคือ "โครงการฐานข้อมูลจารึกในประเทศไทย ระยะทดลอง" ซึ่งได้จัดทำข้อมูลเท่าที่มีตามสำเนาจารึกดิจิตอล ด้วยระบบการนำเสนอแบบจำแนกจารึกออกเป็นกลุ่มๆ ตามภูมิภาคและจังหวัดที่พบจารึก

ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๔๖ ผู้อำนวยการศูนย์มานุษยวิทยาสิรินธร (องค์การมหาชน) ดร. ปริตตา เฉลิมเผ่า กออนันตกูล (ผู้อำนวยการฯ ในขณะนั้น) มีดำริที่จะปรับปรุงระบบการสืบค้นข้อมูลให้ทันสมัย และเพิ่มเติมข้อมูลของจารึกแต่ละหลักให้สมบูรณ์ยิ่งขึ้น จึงเกิดเป็นความร่วมมือกัน ๓ ฝ่าย คือ

๑. ภาควิชาภาษาตะวันออก คณะโบราณคดี มหาวิทยาลัยศิลปากร ๒. ฝ่ายวิจัยและพัฒนา สาขาคอมพิวเตอร์สมรรถนะสูง ศูนย์เทคโนโลยีอิเล็กทรอนิกส์และคอมพิวเตอร์แห่งชาติ (NECTEC) ๓. สำนักวิจัยและสนับสนุนการวิจัย ศูนย์มานุษยวิทยาสิรินธร (องค์การมหาชน)

ปัจจุบัน ฐานข้อมูลได้เปิดให้บริการแล้ว แต่เป็นเพียงในส่วนข้อมูลที่เสร็จสมบูรณ์เท่านั้น ซึ่งทางคณะผู้เรียบเรียงข้อมูล ได้ทยอยเรียบเรียงข้อมูลให้สำเร็จไปเป็นชุดๆ ตามชนิดของตัวอักษร และเพิ่มข้อมูลจารึกที่มีการอ่านและเผยแพร่ใหม่ในสื่อสิ่งพิมพ์ต่างๆ อย่างต่อเนื่อง